自从智药三藏捧起第一掬曹溪之水起，曹溪便成为了佛脉源泉，而当年六祖初住曹溪，持锡叩地，泉水涌地而出，而这一智慧之水，浇灌出五家七脉。便成为禅宗智慧之泉，法脉之源。中国佛教史上有“曹溪一滴水，遍覆三千界”。
宋文豪苏东坡南贬，住南华寺，受六祖事迹感召，应当时寺主辩长老之邀，欣然挥毫，题南华寺六祖《卓锡泉铭》并序，碑铭中写道：六祖初往曹溪，卓锡泉涌，清凉滑甘，赡足大众，逮今数百年矣。或时少竭，则众汲于山下 ……又做铭曰：祖师无心，心外无学。有来叩者， 云涌泉落。问何从来，初无所从。若有从处，来则有穷。祖住南华，集众须水。水性融会，岂有无理。引锡指石，寒泉自冽。众渴得饮，如我说法。云何至今，有溢有枯？泉无溢枯，盖其人乎！辩来四年，泉水洋洋。烹煮灌溉，饮及牛羊。手不病汲，肩不病负。匏勺瓦盂，莫知其故。我不求水，水则许我。讯于祖师，有何不可。
又做诗道“水香知是曹溪口，眼净同盾古佛衣，不向南华结香火，此身何处是真依？”
这曹溪之水也随同世事沧桑，佛教几度缘落缘起，南华的几度废兴“或时少竭”……
明朝万历年佛教一度中兴，四大高僧之憨山大师曾与紫柏大师相约共赴南华寺，疏浚曹溪之水，整顿祖庭，续佛慧命。然而二高僧却命乖运蹇，为弘扬佛法，陷入朝廷政治旋涡，蒙受冤屈。因二者性情不同，所宿命也迥然而异。
紫柏大师，明代四大高僧之一，俗姓沈，名真可，字达观，晚号紫柏。吴江（江苏）人。紫柏年少时，性格刚烈勇猛，貌伟不群，慷慨具侠义气。出家后，紫柏终日闭户读经，精勤用功。二十岁从讲师受具足戒，尝至嘉兴东塔寺，见一僧书写《华严经》，跪看良久，慨叹道：“吾辈若能如此，即满足矣！”于是至武塘景德寺闭关三年。出关后，回云岩寺向明觉法师告假辞别，行脚云游，以究明生死大事。
明代的佛教以禅宗最盛，但是宗风却极端的衰微。有鉴于宗风的衰败颓废，有志之士发愤振兴，提出禅净双修、禅教一致的口号。佛门僧侣几乎都兼修各宗各派之学，就连禅门也不例外，禅净法门不二、经教不废等观点也出现在禅僧的语录中。诸宗融合成为明末佛教的特色之一。
这不仅使得禅学有了复兴的迹象，同时也带动了整个佛教复兴的浪潮。对于这股风潮的推动，明末的四大师功不可没。四大师一致认为没有经教做为背景，便无法获得真正的禅悟。他们从实践到理论，都有促进佛教融合复兴的倾向，指引出禅宗入清以后的发展方向。以真可而言，他一生视复兴佛门、振兴曹溪法运为己任。身为禅者，真可不仅力振禅门风气，同时强调“文字般若”的重要，特别揭示经教在禅修中的功能。而他对于唯识学的重视，也激起晚明研究唯识学的风潮。
紫柏真可主张儒、道、佛一致，不执守佛教的一宗一派，融会性、相、宗义，贯通宗、教。憨山大师曾称赞紫柏：“予以师之见地，足可远追临济，上接大慧之风。”紫柏主张佛、道、儒一致，他融和佛教的五戒与儒家的五常，提出：“不杀曰仁，不盗曰义，不淫曰礼，不妄语曰信，不饮酒曰智。”并写有五首偈颂，对照佛、儒二家五种人伦道德。
1592年，紫柏五十岁，北游房山云居寺，朝礼隋代高僧静琬和尚所刻石经，于石经山雷音洞佛座下得和尚所藏佛舍利三枚。慈圣皇太后得知紫柏已至京城，命近侍陈儒备办斋供，供养僧伽黎。紫柏辞谢道：“自惭贫骨难披紫，施与高人福更增。”太后遂恭请佛陀舍利入宫供养三日，并赐内帑造大石函，将舍利重藏于石窟。
当时琬公塔院也早已被寺僧所卖，紫柏于是以太后所施斋银将塔赎回。适巧憨山德清来访，二人便共往石经山礼赞，紫柏请憨山德清为舍利的发现及琬公塔院的复兴，撰写《复涿州石经山琬公塔院记》及《涿州石经山雷音堀舍利记》，紫柏则撰写《房山县天开骨香庵记》。
其后，紫柏与憨山德清两人在都门西郊相对畅谈四十昼夜，共议复修明朝《传灯录》，并相约前往曹溪，复兴法脉。紫柏偈诗曰：
为法宁辞道路赊，岂云瘴海是天涯。频将一点曹溪水，灌溉西来五叶花。
1595年，紫柏在庐山等候憨山德清一同前往曹溪时，却获知憨山德清弘法致难的消息，于是独自先行。紫柏行至京师，才知憨山德清被谪戍雷州，便在江浒之地等待。时值严冬，两人相见于下关旅泊庵，紫柏握着德清的手说：“公不生还，吾不有生日！”并发愿为德清诵《法华经》百遍，祈求佛力加被。
1560年，朝廷征收矿税，宦官乘机扰民，南康太守吴宝秀拒不执行征税命令而被逮捕，夫人愤死。紫柏多方调护，授以毘舍浮佛偈予吴宝秀：“假借四大以为身，心本无生因境有；前境若无心亦无，罪福如幻起亦灭。”谆嘱其诵十万颂，当可出狱。紫柏忧心忡忡地感叹道：“老憨不归，则我出世一大负；矿税不止，则我救世一大负；《传灯》未续，则我慧命一大负。”
紫柏慷慨激昂的言论，终于引起朝廷的侧目，门下弟子与德清等人皆力劝他尽速离京。不久，谤言四起，忌者乘机诬陷他滥用公帑，乃朝廷内部倾轧，匿名“妖书”的造作人，紫柏遂蒙冤被捕下狱。
1563年12月，执政法司定罪论死，紫柏以世法如此，久住何为？即说偈云：“一笑由来别有因，那知大块不容尘。从兹收拾娘生足，铁橛花开不待春。”言毕，端坐安然而逝，御史曹学程一向敬重真可法师，突然听说法师圆化了，赶到狱中瞻仰毕，不禁感叹道：“法师，你去了好！你去了好！”话音未落，真可法师竟然重又悠悠醒转，圆睁双目，炯炯有神，瞅着曹御史看了几眼，却没说话，点点头，这才又悠然而逝。没实现与憨山师同疏曹溪之水，复兴法脉之愿望，遗憾而去。
而憨山大师却因宫廷倾轧牵联，大师五十岁时，遭遇法难。神宗信道教，皇太后信佛教，佛事耗费甚多，引发宫廷矛盾，加之朝廷为立储事，斗争甚激，一派主张立泰昌，一派主张立福王，皇太后与皇帝也意见不一。朝中有人借此生事，诬陷大师贪污钱粮，神宗大怒，下旨逮捕至京师，遭拷打，大师以其智慧，说服了主审官，彻查其所经手之粮款，分毫不差，帐目清楚。神宗这才释然，但仍以私修寺院罪，遣戍雷州。大师在狱中呆了八个月，冬十月始上路南行。被充军到广东雷州 1596年大师五十一岁，路过韶阳时专程到曹溪礼拜六祖。饮曹溪水时，作了一偈：
曹溪滴水自灵源，流入沧溟浪拍天。多少鱼龙从变化，源头一脉尚泠然。
见南华寺凋敝不堪，凄然离去。至广州，以囚犯身份参见大将军，寓海珠寺。三月抵雷州，住古寺，四月一日开始注《楞伽经》。这年，大饥大疫，死者无人掩埋。七月，大师劝众人收拾掩埋死者骨骸上万具。又作法事超度亡灵。法会后天降大雨，旱情解除。八月奉命回广州。次年春，见骸骨暴露，命人掩埋，有数千之多。又建普济道场，做法事七昼夜。五十五岁，因感社会环境不佳，便遣散门徒，闭关以避动乱。但仍协助地方消解了一次群众闹事的事件，制台及大将军均甚感谢。这年，大师应邀至曹溪南华寺。1601年，大师五十六岁。开始了对南华寺环境的整治工作，他请制台戴公帮助，戴公令当地县令坐守寺院，三日内尽驱盘踞于此的流氓恶棍，拆除店铺，收回寺产。六祖道场，始还清净面目。但寺庙建筑颓废，制度荒芜，戒律松弛，大师逐一兴建。先选僧授戒，培训沙弥，加强僧众建设。又立义学，教育学子。设库司，立规矩，查租课，赎僧产，归侵占，一年之内，百废俱兴。又应制台之请，帮助地方解决两大扰民难题。一是奉旨采珠的船只上千艘，完成任务后，横行海上，无恶不作，百姓深以为苦，地方大员，无可奈何。大师以佛理劝说采珠使李公，设法定期约束，过期者治罪。李公力行之，此患即除。海上生产，得以恢复。二是采矿差役扰民，经大师与采矿使协商，由地方每年送解所需之物，尽撤差役，停采矿山。当地官民，对大师十分感谢。更感佛祖慈悲广大，泽被万民。
次年，重修祖殿，改路径，移僧居，拓禅堂。使寺院面貌改观。
1608年，六十三岁，在制台戴公的支持下，募集千金，采集大木，重修大殿。这段时间，少数民族兵变，入侵钦州，明军战败。大师亲往洞中说降，乱兵退，钦州百万生灵免受战火。次年，大师在运木途中，遇坏人鼓众为乱，大师安坐堂上诵念金刚经，至佛说四见即非四见时，忽然大悟，立即写成《金刚决疑》。六十五岁，寺内有僧人状告大师贪占钱财，后经审理明白，官府欲惩治诬告者，大师反为该僧求情。之后，大师深感厌倦，便离开曹溪了。大师在曹溪期间，有一件较为神奇的事，值得一记。当年六祖在世时，占成国（即朝鲜）太子率五位大臣前来迎请六祖，六祖未允，太子及五位大臣立化于海滨。显灵于韶阳，当地民众便在南华寺外立相公祠供奉。太子死后以灵性现身为六祖侍者，独不戒酒。六祖许之，后受法离去。留有一钵在寺。寺僧铸一铜像侍立六祖肉身之旁。像顶有布帽。乡邻每日以一钵酒供奉，酒即化为水，供酒后其帽即歪。大师到南华与大众授戒时，大众说：灵通侍者饮酒，我们也不该受戒。大师即作了一篇文章，（即《为灵通侍者戒酒文》，见梦游集卷五十）禀告六祖，先与灵通侍者戒酒，即打碎了供酒的钵。此后灵通侍者即不受酒供，供酒，酒不化水，帽也不歪。憨山在粤五年，竟名满大江南北。
从七十一岁起，大师因年事已高，有归隐意。遍游两湖及诸名山，遍览诸胜，随缘弘法，多有诗文著述。1616年注《肇论》，十月为达观禅师作荼毗法会，并为灵塔撰写铭文。
大师自离开南华寺到庐山，已有八年，曹溪的弟子们都盼望他回去。多次相请，都被大师婉拒了。次年为众说《楞伽笔记》。七十七岁时，《华严纲要》完成。口述年谱完成。还为大众说楞严、圆觉、金刚、起信、肇论等。因曹溪各界多次邀请，大师于1622年十一月十日离开五乳峰法云寺，前往曹溪南华寺。有诗云：
五云一望入南安，万叠千回六六滩。行到水穷山尽处，梅花无数岭头看。
大师七十八岁，应大众之请，为众说大戒及起信论、唯识论、楞严经等。秋八月，祖师法会后，大师派人去感谢郡守吴公的护法诚心，嘱咐说：
“佛祖弘化，贵乎时节因缘，缘与时违，化将焉讬，一期事毕，吾将归矣。”大众听了，以为大师要回庐山了。十月初一，应弟子净泰之请，作《自赞》，备述生平大意。
十二日是大师生日，韶阳太守来送禅衣祝寿，大师与太守坐谈竟日。是夜，三次沐浴。次日太守告辞，大师说：我要走了，感谢您护法的诚心盛意。并合掌称谢。中午，取净水漱口，沐浴更衣，大众围绕念佛。大师吩咐：汝等勿得惊慌，当依佛制，不得披麻戴孝，勿得悲哭。一心念佛。
申时，大师端坐而逝。
大师逝后，端坐三日，面皙唇红，手足绵软，如入禅定。庐山五乳峰法云寺众弟子遵师遗命，扶大师灵龛归五乳。因为庐山五乳峰潮湿，开始用浮供的办法，后择地葬之。过了十一年（1635），山中出现虎患，主事者恐因葬地不妥，仍请出护龛浮供。起出时见护龛已半为蚁蚀，不敢再择地卜葬。又经过九年，到1643年九月，广东弟子陈子壮备足经费，来迎请大师灵龛归曹溪。此举得到许多善士的支持。迎龛之行，颇为顺利。特别是灵龛过梅岭时，遇见新赴任的广东总镇（总兵）宋昭明，与大师曾结法缘，于是命士兵用车载灵龛至曹溪。数月后，宋公复至曹溪，听护龛弟子广成、慈力说，从裂缝的小孔中看到大师端坐如生，想开龛，但不敢决定。宋公抽刀劈开缝隙，见大师结跏趺坐如生前一样，头发和指甲都长了，其色鲜红。衣服的颜色还像新的一样，但遇风就成碎片了。忽然来了一个和尚，建议用印度的方法，用海南栴檀末涂体，和尚涂完大师身体就离去了。寺僧取出一女居士缝制的千佛衣为大师穿上，此衣放置库中二十二年，光彩如新。在原修好的塔院中供养，称为憨山寺。
憨山大师肉身从1643年迎归曹溪，一直供奉于塔院中。过了三百年，到1943年，虚云老和尚重兴南华寺，始将憨山大师肉身安置于六祖之左侧，丹田大师之肉身安置于六祖之右侧。虚云老和尚重兴南华寺时，重新将寺院作了布局。使南华祖庭，呈现在状貌。寺院建筑气势恢宏、造物精巧。作为源头的泉水终年流涌，脉脉不绝，清澈冰凉，汇入曹溪，遍履三千界……
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